Lindegaard là thành viên của đội tuyển U-19,U-20 và đội tuyển quốc gia Đan Mạch.[1] anh có trận đấu đầu tiên cho U-19 Đan Mạch vào tháng 9 năm 2002, và bắt chính trong trận thắng 1–0 trước Thụy Sĩ ở vòng loại Giải vô địch bóng đá U19 châu Âu 2003 ngày 13 tháng 10 năm 2002.[5] Anh đã thi đấu tổng cộng 6 giải trẻ cho tới tháng 9 năm 2003.

Ngày 7 tháng 9 năm 2010, Anh có trận đấu đầu cho ĐTQG tại vòng loại Euro 2012 gặp Iceland và Đan Mạch giành chiến thắng 1–0.[17][18] Ngày 8 tháng 10 năm 2010, Đan Mạch gặp Bồ Đào Nha ở vòng loại Euro 2012. Chấn thương kéo dài của thủ môn Thomas Sørensen giúp cho Lindegaard có cơ hội được bắt chính. Mặc dù Đan Mạch bị dẫn trước 0–2 ngay trong hiệp 1, anh vẫn có nhiều pha cứu thua cho đội tuyển trong trận đấu, tuy vậy bàn thắng ở phút 85 của Cristiano Ronaldo đã dập tắt mọi nỗ lực của anh và ấn định chiến thắng 3–1 cho Bồ Đào Nha. Lindegaard được bắt chính trong trận đấu tiếp theo gặp Síp, trong trận này Lindegaard đã bảo toàn được mảnh lưới và Đan Mạch giành chiến thắng 2–0.